En la medianoche del martes 14 de noviembre el comandante del submarino ARA San Juan, capitán de fragata Pedro Martín Fernández, informó a la Base de Submarinos de Mar del Plata de un incendio en la nave que había afectado a las turbinas y las comunicaciones, señalándose, además, que había entrado agua en el submarino. El submarino había salido de Ushuaia el lunes día 13 y se hallaba en misión de vigilancia de la Zona Económica Exclusiva de 200 millas. A las 7:30h de la mañana del día siguiente, 15 de noviembre, el comandante comunicaba a la Base que el problema se había solucionado, ordenándose desde el comando de Mar del Plata que prosiguiera normalmente el viaje, cuyo destino final habría sido esa Base.
Fue la última vez que se estableció comunicación con el submarino. A las 10:31h de ese mismo día 15 de noviembre, los hidrófonos submarinos HA04 de la Isla de la Posesión y los HA10 de la británica Isla de la Ascensión, detectaron una gran explosión no nuclear a unas 30 millas al norte de la última posición conocida del San Juan.
Siendo notificado el día 14 desde el ARA San Juan a su Base que se había producido a bordo un incendio con resultado de entrada de agua en la nave, la prudencia, e incluso la norma, debería haber ordenado desde Mar de Plata en ese mismo momento al submarino el regreso inmediato a la costa y preparado su escolta por un buque hasta su llegada a destino. Nada de esto, efectivamente, hubiera evitado la explosión posterior, pero sí que el submarino se encontrara en el momento de la misma en aguas menos profundas, pues en su posición original las profundidades pasan de manera brusca de unos 200 o 400 metros a 1.000 o 3.000.
La cuestión de la profundidad es clave: el San Juan dispone de varios sistemas de salvamento en caso de hundimiento. Su casco resistente está dividido en dos por un mamparo resistente a la máxima cota y ubicado en la popa de la vela. En cualquiera de los dos compartimentos se podía refugiar la dotación en espera de ser salvada por la llegada de un mini submarino que se acoplase a la escotilla de salvamento de popa o proa. Si el submarino se hunde a menos de 150 metros, la dotación podía salir al exterior utilizando el traje de escape libre reglamentario SEIS (Submarine Escape Inmersion Suit). Gracias a este equipo, 44 de los 52 hombres de la dotación del submarino peruano BAP Pacocha (S 48) pudieron salvarse cuando el buque fue abordado por un pesquero japonés, el Kiowa Maru, al disponerse a entrar en El Callao.
Si el San Juan se hubiese hundido en menos de 100 metros de profundidad, uno de los dos compartimentos podía inundarse hasta igualar presiones con el exterior, en ese momento se podía abrir la escotilla de salvamento y salir todos los tripulantes provistos de los trajes SEIS, que permiten respirar mientras se asciende, además de proporcionar flotabilidad positiva y aislar al marino del frío del agua. Una vez en la superficie, los supervivientes pueden subirse a las balsas que estibada en la libre circulación del submarino se deben haber disparado con anterioridad. Por último además del soplado normal de todos los lastres, existe un soplado por emergencia utilizando hidracinas, un compuesto químico que al contacto con el agua salada produce un gran número de burbujas gaseosas que vacían los lastres de proa y popa de agua, proporcionando una gran fuerza de ascensión instantánea. Se dijo, tras hablarse inicialmente de un mero problema de comunicaciones, que debido a la avería eléctrica el submarino se había quedado sin propulsión, si esto hubiese sido así el San Juan habría soplado todos los lastres por el procedimiento normal o el de emergencia con hidracinas.
No fue hasta el mediodía del jueves 16 de noviembre, que se informó al jefe de la Armada Argentina, almirante Marcelo Srur, de lo que había sucedido en el San Juan y de la ausencia de comunicaciones. Si bien es cierto que el protocolo naval señala que los submarinos deben ponerse en contacto cada 36 horas, la notificación el día 14 por parte del comandante del submarino ARA San Juan del incendio en la nave que había afectado a las turbinas debería haber alterado ese protocolo y hecho saltar mucho antes las alarmas. El ministro de Defensa, Oscar Aguad, conocía los hechos a las 21 horas de ese día, informando entonces a Macri, que conoció la situación casi dos días después del 14 de noviembre. Hasta que no se encuentre al submarino no se podrá conocer la verdad.
